Bien que la fellation ne puisse pas causer de grossesse, la possibilité de transmission des maladies sexuellement transmissibles entre les deux partenaires est envisageable, même si l'absence de certitudes scientifiques sur le sujet est à relever. De nombreuses MST sont concernées : le VIH-SIDA mais aussi la syphilis, l'herpès, les chlamydiae, les gonorrhées et plusieurs types d'hépatites, cette liste n'étant pas exhaustive.

Lors d'une fellation, ce risque peut apparaître s'il y a des lésions aux lèvres et à l'intérieur de la bouche du partenaire. Une bonne hygiène bucco-dentaire est donc recommandée, mais se laver les dents peu de temps avant la fellation peut faire saigner les gencives et avoir un effet contraire à celui recherché.

Le préservatif permet d'éviter le contact entre la personne qui effectue la fellation et les fluides sexuels de l'homme. Afin de cacher le goût du latex, de nombreux fabricants proposent des préservatifs parfumés. Cependant, le conseil d'utilisation du préservatif est ici moins suivi que pour les rapports sexuels génitaux, en raison tant de l'absence de campagnes de prévention axées sur ce point même si cela commence à changer que d'une plus grande modification des sensations physiques par la présence du préservatif dans le cas de la fellation, par rapport aux rapports génitaux ou anaux.